En Dragon Ball GT, Vegeta alcanza un altísimo nivel de poder como SSJ2, superando en poder al resto de los saiyanjins incluyendo el SSJ2 de Gokü, siendo de hecho el elegido por Baby para poseerlo por ser el cuerpo más poderoso que podía en encontrar en el universo. Baby es la criatura creada por el Profesor Myu, último Tsufuru sobreviviente, la raza fue aniquilada en su tiempo, eran 2 razas los Saiyajin y los Tsufurujin, los Saiyajin aniquilaron y atacaron a la sociedad avanzada de los Tsufuru, y es debido a eso que el Profesor busca la venganza a crear a Baby y se convierte en Baby Vegeta. Siendo Baby Vegeta, pasará por 4 fases distintas: Vegeta Baby ,, Vegeta Baby SSJ 2 aún más fuerte (le salen una especie de alas en el traje), Baby Vegeta transformación completa (se parece más al Baby original) y Ozaru dorado Baby Vegeta (mono gigante Super Saiyajin). De hecho se transforma en Ozaru Dorado para hacer frente a Gokū transformado en Super Saiyajin 4 (éste lo había conseguido después de haber sufrido una metamorfosis extraña de Ozaru Dorado a SSJ 4 propiciada por las palabras de Pan). Y después de una dura lucha, Vegeta es liberado del simbionte Baby que sería eliminado también por Gokū.
Posteriormente participa en la pelea contra el Super A-17 junto a Goten, Trunks, Gohan y Ub, siendo Vegeta el único guerrero que consigue aguantar la batalla hasta cuando Gokū regresa y atacando al androide en SSJ2 con su nueva técnica definitiva, Final Shin Attack. Antes había vuelto a derrotar a Nappa y estaba venciendo sin gran esfuerzo al Nuevo A-17, más poderoso que el original, pero luego de la fusión con el primer A-17, superó por mucho sus poderes. Lo más sorprendente en este enfrentamiento es lo que Vegeta dice justo antes de ser salvado por Gokū: "soy un terrícola con orgullo de Super Saiyajin". Sin duda alguna, una declaración así por parte de Vegeta es toda una demostración del gran cambio sufrido desde su primera visita a la Tierra.
Por último en las batallas contra los Dragones malignos, Vegeta alcanza el nivel de SSJ4 gracias a una máquina fabricada por Bulma, que emitía los rayos Blutz (lunares) que se necesitan para que un Saiyajin se transforme en Ozaru y luego pasa al estado de Super Ozaru (debido a su gran poder de Super Saiyajin) y de allí pasar al SSJ4, aunque a diferencia de Gokū (quien solo la primera vez necesito pasar por el estado Super Ōzaru), no logra transformarse a SSJ4 sin necesidad de esta metamorfosis, y ayuda a Gokū en la pelea contra Yi Xing Long, fusionándose con él transformándose en Super Gogeta SSJ4, el guerrero más poderoso de todo el anime, que estuvo a punto de eliminar a su adversario, pero la fusión se deshace antes de lo previsto.
Al final será Kakarotto quien elimine al dragón oscuro con una Genkidama creada con la energía de todos los habitantes del universo.
Caracterizado por su gran orgullo, es por excelencia el príncipe de los Saiyajin, gracias a su arrolladora personalidad es uno de los personajes de culto de la serie, ya que ostenta un gran número de seguidores por ser el personaje más emblemático de los saiyajin, ya que ni Kakarotto ni los saiyajin de segunda generación como Trunks, Gohan o Goten muestran los rasgos de la personalidad saiyajin tan marcados como el príncipe de los Saiyajin.
