Luego de varios años, en el año 789 Gokū es convertido en un niño otra vez con las Dragon Balls de la estrella negra, que son descubiertas por el viejo enemigo de Gokū, Pilaf. Deben ser recolectadas dentro de un año o si no el planeta en donde se pidió el deseo, es decir, la tierra, será destruida, por lo que Gokū, Trunks y su nieta Pan (En vez de ser Goten, quien en un principio iba a ir) deciden embarcarse en el espacio para encontrarlas. Los tres viajeros rápidamente se enredan en un diagrama por sobrevivir de un pasado Tsufurujin, el Dr. Myu, que quiere vengarse de los Saiyajin. La fruta de su trabajo, Baby, quien pronto toma el control de la situación, y después de matar al Dr. Myu, viaja a la Tierra en busca de todo saiyajin vivo. Él pronto gana control sobre el planeta poseyendo a ciertos personajes (principalmente Vegeta), y eventualmente la mayoría de la población de la tierra. Baby desea que el planeta original Tsufuru, Plant (antes de que la interferencia de los Saiyajin) sea reconstruido usando las Dragon Balls definitivas, pero antes de que Baby (que ahora asume totalmente la identidad de Vegeta) pueda ejecutar completamente su plan, Gokū finalmente puede destruirlo después de lograr un nuevo nivel de Super Saiyajin, el Super Saiyajin 4, gracias a la extracción de una nueva cola. Desafortunadamente, la Tierra ahora tiene el destino sellado, y su población entera debe trasladarse al nuevo planeta Tsufuru antes de la destrucción de ésta. Piccolo, sin embargo, elige permanecer detrás y morir en la explosión, llevándose consigo las Dragon Balls de la estrella negra. La tierra se restaura eventualmente, gracias a Polunga.

Tras un breve periodo de paz, esta se ve interrumpida por la repentina aparición de un inmenso agujero en el cielo de la tierra el cual conecta el mundo real con el infierno del Otro Mundo. Esto ha sido obra de la alianza del Dr. Gero y Dr. Myu en el infierno. Se han aliado para crear el plan definitivo que acabará con Gokū: La creación de un nuevo A17 que se uniría al A17 original para crear un nuevo Super Androide llamado Super A-17. De paso, la energía desprendida por ambas creaciones ha supuesto una rotura en la dimension espacio-temporal, haciendo posible que los muertos llevados al infierno regresaran al Mundo de los vivos. El nuevo A17 ataca a Trunks sin piedad y reta a Gokū a un duelo en el Infierno. Gokū acepta pero comprueba que se trata de un vil plan para dejarle encerrado allí. Cell y Freeza aparecen y se enfrentan a Gokū, pero éste les recuerda que su potencial se ha visto aumentado desde su último encuentro y logra derrotarlos, aunque, debido a que ya están muertos, estos no pueden volver a morir. Finalmente, Gokū consigue desbancarlos empleando una máquina de congelación de almas. Piccolo, ya muerto, aparece eventualmente (Se traslada voluntariamente del Cielo al Infierno) ante Gokū y con la ayuda de Dende consigue escapar de su prisión. Mientras, en la Tierra, los guerreros GT derrotan a todos los muertos vueltos a la vida, pero se ven incapaces de derrotar a Super A-17 y todos caen vencidos, hasta que Gokū reaparece. Convertido en Super Saiyajin, Gokū hace frente al androide sin éxito, para más tarde enfrentarse en Super Saiyajin de nivel 4. Super A-17 revela que es capaz de absorber todo ataque que le sea lanzado, por muy fuerte que este sea. Todo parece perdido hasta que la repentina aparición de C18 en combinación con Gokū (que descubre el punto débil del androide) supone el fin de Super A-17, aniquilado con un "Dragón Ken" y un "Kame Hame ha". Krillin y muchas otras inocentes víctimas perecen ante el siniestro plan de los Doctores.

Cuando Shen long es convocado de nuevo para revivir a los muertos por Super A-17, tras observar todos atonitos las Dragon Balls agrietadas, un dragón extraño y oscuro aparece en su lugar. Este "dragón del humo negro" se divide en siete dragones malvados, cada uno con una Dragon Ball agrietada en su cuerpo. Gokū y sus compañeros luchan valerosamente para derrotar estos dragones nuevos. Sin embargo, después de que seis de los siete se derrotan, el dragón de una estrella, Li-Shinron, absorbe las otras Dragon Balls, formando a Super Li-Shinron. Gokū lo derrota después de la batalla más difícil de su vida, incluyendo una fusión con Vegeta más poderosa jamás vista: Super Gogeta en Super Saiyajin 4.Gogeta en estado Super Saiyan 4 crea el ataque Big-Bang Kame Hame Ha, fusion del ataque de Vegeta y Gokū. Después, muestra el ataque más potente de todas las sagas de Dragon ball: Ultra Genki Dama o Cho Genki Dama con la energía de todo el Universo. Tras la batalla, Shen long verdadero aparece de nuevo, afirmando que no serán concedidos más deseos durante mucho tiempo. Gokū, en un intercambio para poder pedir un deseo más, decide a acompañar al dragón. Mientras que Gokū vuela lejos, las siete Dragon Balls se absorben en su cuerpo, y él desaparece (aunque no se sabe del todo bién puesto que el mismo Gokū dice "Estaré fuera unos días").